DnaMan(分子生物学综合应用软件)汉化版

分子生物学领域的日常工作中，DnaMan中文版可作为一个功能覆盖较为全面的工具来使用。多序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图以及蛋白质分析等任务，都能在这一款软件里完成，核酸与蛋白质序列的常见分析需求基本都能得到满足。序列的呈现方式也有多种选择，既可以查看序列本身与成分信息，也能切换到待分析序列的反向序列、反向互补序列或对应的RNA序列进行观察。在序列同源性方面，该软件支持两序列之间以及多序列之间的同源性分析。凭借运行速度、功能丰富度、结果准确性以及呈现质量等方面的表现，它足以成为分子生物学研究者日常工作中可以放心依仗的基础工具。

DnaMan 可同时容纳 20 条序列常驻内存，省去反复调取的麻烦，也让多项功能分析衔接得更顺畅，工作节奏随之加快。软件自带图形分析模块，用户能把实验数据导入其中，借助自动统计与图表呈现，梳理出清晰的数据变化脉络，为后续模拟实验留下可参照的依据。整体来看，这款生物学综合工具实用性较强，对生物研究从业者尤为友好，生命科学领域的研究人员都用得上，感兴趣的话不妨下载试试。

软件特色

1、DNA与蛋白质序列编辑

2、DNA序列转化

3、多序列比对与对齐编辑及分析

4、系统树分析

5、对DNA或蛋白质序列进行点阵比较

6、DNA序列的拼接与编辑

7、BLAST 支持在 Intranet 或 Internet 服务器上通过网页界面完成检索操作

8、序列与数据库中的增强型图案检索

9、SiRNA选择器

10、限制分析

11、绘制序列图并达到出版级品质

12、限制模式预测

13、电子克隆

14、依据受限片段还原出受限图

15、通过静音突变分析来创建或破坏限制性位点

16、方向不一致时会触发对受限站点的创建或破坏限制

17、翻译与密码子使用情况分析

18、蛋白质疏水性与亲水性分析

19、蛋白质表征：序列组成分析与等电点预测

20、蛋白质二级结构预测

21、反向翻译

22、PCR与测序引物的设计

23、用于分析DNA或引物序列热力学特性的功能

24、分歧分析

25、寡核苷酸、DNA与蛋白质数据库管理

26、生成随机序列

汉化亮点

1、完美汉化

标准资源与非标汉化均已涵盖，界面也做了调整与美化。

2、完全汉化

本地化覆盖比例超过98%，仅部分专业术语维持原文未作翻译。

3、完整功能

完整功能版本，无需输入序列号，使用过程中不受功能或时长方面的约束。

DnaMan使用说明

一、把需要分析的序列载入通道

1、使用File|Open命令选择需要分析的序列文件后，该序列会直接载入当前默认Channel（起始状态为channel1）。若想更换序列所归属的Channel，只需先激活目标Channel（比如channel5），再执行打开操作即可。

2、借助 Sequence|Load Sequence 菜单下的子菜单来打开文件，或者把选中的部分序列载入 Channel。

执行 Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令后会弹出一个对话框，序列的性质（DNA 或蛋白质）、名称以及待分析的片段等参数均可在此处进行设定。

二、以不同形式显示序列

1、使用 Sequence|Display Sequence 命令即可调出对应对话框。

2、可依据实际使用场景切换不同的序列转换显示方式，供选择的选项包括：

1)显示序列和成分

2) 展示待分析序列的反向互补序列

3) 展示待分析序列的反向互补链

4) 展示待分析序列的互补序列

5) 对待分析的序列，以双链形式进行展示。

6) 展示与待分析序列相对应的RNA序列

3、参数说明如下

Results 分析结果表明

其中包括：

显示概要；在结果中呈现酶切位点。

显示限制性酶切图；显示限制性酶切模式图

可设置阈值以排除超出指定数量的酶切位点。

忽略低于指定数值的酶切位点

目标DNA 特性

环型DNA（circular）与dam/dcm甲基化这两种分析对象可选；若在Sequence Channel中勾选此项，该通道内的全部序列都会纳入分析。需留意的是，当同时勾选Draw restriction pattern时，若所有通道合计只有两条DNA，则最多只能选用两个酶进行酶切分析；若合计达到三条或更多DNA，则仅能使用一个酶。

三、序列同源性分析

1)两序列同源性分析

1、借助 Sequence|Two Sequence Alignment 命令调出对话框

2、参数说明如下

比对方法的选项一般有两种：Quick（快速比对）和 Smith&Waterman（最佳比对）。若采用快速比对模式，把 k-tuple 值调小有助于提升精确度；序列较长时，则需要把 k-tuple 值相应调大。就取值范围而言，DNA 序列的 k-tuple 可选 2 至 6，蛋白质序列则可选 1 至 3。

2)多序列同源性分析

1、执行 Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令即可调出对应对话框。

2、参数说明如下

a、从本地文件里选取需要参与比对的序列

b、从文件夹中选取需要参与比对的序列

c、在channel中挑选用于比对的序列

d、在数据库里挑选用于比对的序列

e、删除已选中的序列（在左侧显示框中用鼠标点击序列名称即可选中）

f、清除全部序列

序列比对

软件自带 help 说明可供查阅。操作流程大致是：先打开测序得到的序列文件，定位到你翻译起始的 atg 位置，随后进入比对环节——把需要参与比对的序列逐一载入各个 channel，再点击 sequence-allignment 就能开始序列比对。

DnaMan中文版教程

1、获取本站所提供的 DnaMan 压缩包，完成解压后打开使用

2、选中 DNAMAN_setup.exe 文件，双击启动安装程序

3、直接点击next

4、在“我接受同意”一栏打上勾，随后点按 next 按钮。

5、选定安装位置，此处按默认路径进行安装，然后点击next。

6、点按“install”（安装）按钮即可开始安装。

7、安装结束后，点一下 finish 就行。

8、注册表窗口弹出后，点一下右上角的关闭按钮就行。

9、解压完成后，打开DNAMAN_patch.exe这个文件，它便是汉化补丁程序。

10、点击下一步

11、界面提示 danman 已安装完成，此时点击“完成”按钮即可。

12、在弹出窗口中定位到“DNAMAN.exe”文件，选中后点击“开始”按钮即可。

13、补丁提示成功，即表示操作已完成。

14、打开桌面上的程序快捷方式启动它，如果出现注册表提示窗口，随便填写内容后点确定就行。

15、按上述步骤装好之后，就能直接打开使用了。

请注意：程序升级功能已被关闭，目的是防止升级后界面语言退回英文。若确有升级需要，把目录中的 LBUpdate.dll 改名为 LBUpdate.exe，再运行该文件即可。

dnaman软件功能

①、综合系统

②、DNAMAN Desktop 可在 Windows、OSX 与 Linux 三种操作系统上运行。

③、序列操作

1、序列输入

DNAMAN所处理的序列文件采用关键字格式的纯文本形式，同时兼容GenBank、GCG、CLUSTAL、FASTA、PIR、GDE等常见序列类型。为提升运算速度，程序通过序列通道机制把当前活跃序列驻留在内存中；数据库功能则能协助整理特定研究项目所涉及的序列。上述三种序列输入入口均可在DNAMAN Desktop界面中调用。

2、序列组成和转换

DNAMAN 通过简洁的下拉菜单方式，给出序列组成与分子量的分析结果。该工具支持将序列转变为反向、互补、反向互补、双链以及 RNA 形式。

4、序列搜索

DNAMAN具备序列检索与比对功能，可处理核苷酸、氨基酸序列、共有序列、开放阅读框以及重复序列。该程序内置的siRNA筛选工具能够帮助提升小干扰RNA设计的可靠性。在DNAMAN中，用户还能向NCBI数据库或其他基于Web的序列服务器发起BLAST检索。

5、限制分析

DNAMAN 针对 DNA 序列的限制性分析给出了操作直观的界面，分析结果能以文本、限制图以及琼脂糖凝胶限制图的形式呈现。该工具还涵盖电子克隆、由片段重建限制图、无声突变与定向不匹配等功能。

6、顺序组装

DNAMAN 依托高效且精准的比对算法完成大批量序列的组装工作，汇编过程可直接调用跟踪文件，并借助组装所得的序列集对 SNP 进行验证。

【同源性比较】

（1）、点阵图

在DNAMAN里，dotplot功能可用于查找大序列之间的同源区域；若对某段序列感兴趣，还能将其放大并直接进行对齐查看。

（2）、两个序列比对

DNAMAN 内置了多种比对方式，既能以速度优先，也能追求最优结果，用于两条 DNA 或蛋白质序列之间的比较。

7、多序列比对

DNAMAN 采用 ClustalW 算法（Feng-Doolittle 与 Thompson 提出）完成最佳对齐，并借助 Wilbur 和 Lipman 的全局对齐算法实现快速对齐。该软件提供三种最佳比对模式，可输出高质量的比对结果；若需处理大批量的 DNA 或蛋白质序列，快速比对方式能显著提升效率。比对完成后，用户还能在多对齐序列编辑器中进一步修改或调整对齐内容。

8、系统发育分析

DNAMAN 可调用常见算法生成同源矩阵，并据此算出各序列两两之间的相关距离；它支持输出距离矩阵，也能基于多组比对结果绘制系统发育树或同源树，还可通过引导分析给出系统发生树的置信度数值。

9、引物/寡核苷酸分析

PCR引物设计

DNAMAN 在 PCR 引物筛选方面给出了多种可控参数。用户可对目标 DNA 区间、PCR 产物长度、引物特性、反应条件以及引物配置进行设定，从而对引物过滤过程加以优化。

其他功能：能够对寡聚引物进行解链温度分析，并评估其互补性、引导错误、沉默突变以及定向错配情况。

10、蛋白质分析

DNAMAN集成了多种蛋白质序列分析功能，可对DNA的全部六个阅读框架进行翻译，支持遗传密码表变异、阅读框架概览、密码子使用情况分析、氨基酸组成统计、疏水性分析、电荷与等电点分析、二级结构预测以及反向翻译等操作。

11、数据库管理

DNAMAN 采用关系型数据库 Sqlite3 作为标准的数据管理引擎，用于对 DNA 与蛋白质序列以及寡核苷酸序列进行统一管理。

12、LBDraw（仅支持Windows系统）

13、仅限 Windows 系统，可在联网环境下使用

面向Windows平台，内置了DNAMAN Internet / Intranet浏览器。

DNAMAN 内置了一个 Web 浏览器，可用于访问 Internet 或本地 Intranet。借助这个浏览器，用户能把序列直接载入并开展分析，也可以调用网络上的服务器资源。