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GraphPad Prism 9 在科研和医学生物领域是一款专业工具，把生物统计、曲线拟合与科技制图整合到同一套软件里。它上手不难，功能却相当扎实，生物学家以及社会、物理科学领域的研究者常用它来整理实验数据、完成分析并生成可视化结果。
Prism 9 加入了主成分分析（PCA）能力，能够以方差最大化为目标把高维数据映射到低维空间，从而更直观地观察群体之间的遗传距离和相关性；多变量数据表也得到明显增强，新增数据限制设置、变量类型自动识别、表内文本信息嵌入以及变量自动编码等支持，有助于精简分析步骤，让科研人员从原始数据走向出版级图表的效率更高。
一、更高维度的数据
Prism 9 针对多变量数据表做了不少关键升级。面对规模更大的数据集，用户可借助标准结构进行探索，并利用下列改进来运行新的分析以及优化后的分析功能：
1、数据容量上限调整——单张数据表可录入的列数上限为1024列。
2、自动判别变量类型——可把多变量数据表里的各个变量分别归为连续值、分类值或标签值
3、数据表中的文本信息——文本可直接录入数据表，不必再把“0”“1”这类变量编码写进去，只要在表中填上“Male”“Female”即可。
4、自动变量编码——只需录入数据，其余交由Prism处理。文本类分类变量会被自动转换为数值形式的“虚拟”变量。
二、主成分分析（PCA）
在实际研究中，经常会出现所采集的变量数目远超可分析样本量或学科覆盖范围的情形。以基因表达研究为例，受试者被划分为治疗组与对照组，而研究人员需要测定其中成百上千个不同基因的表达水平——此时变量过多，模型难以与数据良好适配。若直接剔除部分变量不再纳入分析，又会损失其中可能蕴含的有价值信息。PCA属于一种“降维”手段，能够在压缩所需变量规模的同时，尽可能少地丢失数据中的信息。
PCA还提供以下功能：
1、借助平行分析、Kaiser 方法、总方差阈值方法等途径来挑选组件
2、生成碎石图、分数图与双线图
3、自动生成PCA结果，供主成分回归等多元线性回归分析直接使用
三、向图形添加新尺寸
气泡图可直接依据原始数据生成，符号位置由X和Y坐标确定，大小与填充颜色则分别通过对应的编码变量来设定。需要留意的是，符号的颜色和大小既可采用分类（分组）变量来定义，也可采用连续变量来定义。
这张图将一百多个国家或地区各用一个圆圈表示。圆圈的横轴位置对应各国的GDP（购买力平价），纵轴位置则对应出生时的平均预期寿命。圆圈面积大小与该国人口数量成正比，其中面积最大的两个圆圈分别代表中国和印度。圆圈的颜色用来区分国家所在的大洲——在这里颜色属于分类变量；气泡图中的颜色同样可以映射连续变量：同一张图里，横轴、纵轴和圆圈大小的含义保持不变，但圆圈颜色改为连续反映该国每千人出生率。棱镜还内置了半透明配色方案，重叠的圆圈因此能看得更清楚。
四、把多组对比结果自动加入图表
只要把多组成对比较按合适的方式跑完分析，点一下就能把结果直接画进图里。想调整这些连线和星号标记，再按一次工具栏上的按钮即可。数据或分析改动后，图上的结果会跟着同步刷新。不过要记得，P值并不能说明全部问题，效果估算值也别落下（比如均值差的95%置信区间）。
五、借助估计图更直观地呈现T检验结果
运行测试时，Prism 会直接生成一张估算图。图左侧的 Y 轴对应两组各自的原始数据，右侧的 Y 轴则用来呈现组均值之差以及它的 95% 置信区间。相比只看 P 值，这张图能传达更多信息：95% CI 是否跨过零、区间有多宽，都能一眼看清——若区间包含零，P 值便大于 0.05；若不包含零，P 值则小于 0.05。
1、有效地整理数据
Prism 是一种专为分析工作而设计的格式，适用于定量数据与分类数据的处理。借助它，数据录入更准确，分析方法的选取更为便捷，同时也能生成美观的图表。
2、进行正确的分析
Prism 内置的分析工具覆盖范围很广，常规检验和针对性较强的检验都包含在内，例如 t 检验、单因素/双因素/三因素方差分析、线性与非线性回归、剂量反应曲线、二元逻辑回归、生存分析以及主成分分析等。每项分析都配有对应的清单，便于用户核对统计假设是否满足，并确认所选检验方法是否恰当。
3、一键回归分析
在曲线拟合这件事上，Prism 做到了其他程序难以企及的简洁程度。使用者只需选定一个方程式，后续的拟合运算、结果呈现、函数参数表生成、曲线绘制以及未知值的内插，均由 Prism 自动完成。
4、把精力放在研究本身，别让软件成为负担
Prism 会替你完成编码工作，图形与结果均自动实时刷新。数据或分析环节出现任何变动——直接录入数据、剔除有误的数据、修正错别字，或者调整分析选项——都会即刻体现在结果、图形与布局之中。
5、不写代码也能把日常工作自动跑起来
在分析过程中，只需单击一次，就能把多组成对比较批量加入。想调整这些行和星号的显示方式，再次点击工具栏按钮即可完成设置。数据或分析发生变动后，图形上呈现的结果会自动同步更新。
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